Das Kommando 99 führte die Exekutionen mittels einer Genickschussanlage durch, indem Angehörige des Kommandos vorgaben, medizinische Untersuchungen durchzuführen. Unter dem Vorwand, deren Körpergröße ermitteln zu wollen, führten sie die Gefangenen an die Attrappe einer Messlatte, wo sie daraufhin von einem weiteren Täter, der sich in einem Gelass hinter der Messlatte verbarg, von hinten erschossen wurden.[5]
Von 1941 bis 1945 kamen ungefähr 8000 sowjetische Kriegsgefangene und viele weitere Häftlinge auf diese Weise um.[6][7] Ab 1943 führte das Kommando 99 an speziellen Wandhaken im Keller des Krematoriums, dem Leichenkeller, auch Erdrosselungen aus.
Nach Aussage des ehemaligen Buchenwald-Häftlings Heinz Mißlitz war der später wegen Beteiligung am Mord an Ernst Thälmann angeklagte Wolfgang Otto Leiter des Kommandos.[8] Zumindest gegen Otto, Max Schobert und Werner Berger wurde im Buchenwald-Hauptprozess ihrer begangenen Verbrechen als Mitglieder des Kommandos 99 wegen verhandelt.[9][10]